- Generálny riaditeľ
- Kancelária generálneho riaditeľa
- Oddelenie zahraničných vzťahov
- Oddelenie vydavateľstva a propagácie
- Regionálne centrum Banská Bystrica
- Regionálne centrum Spišská Nová Ves
- Regionálne centrum Košice
- Riaditeľ pre geológiu
- Odbor informatiky
- Odbor geológie
- Oddelenie geológie starších útvarov
- Oddelenie geológie mladších útvarov
- Oddelenie nerastných surovín a geofyziky
- Oddelenie 3D / 4D geologického modelovania
- Oddelenie hydrogeológie a geotermálnej energie
- Oddelenie inžinierskej geológie
- Oddelenie geochémie životného prostredia
- Oddelenie špeciálnych laboratórií
- Oddelenie ATNS
- Riaditeľ pre ekonomiku
- Oddelenie prípravy a implementácie projektov
- Oddelenie rozpočtu a účtovných systémov
- Oddelenie služieb a správy majetku
- Oddelenie verejného obstarávania
- Oddelenie dopravy
- Odbor geoanalytických laboratórií
Poradné orgány generálneho riaditeľa: